澎湖科技大学为台湾离岛地区第一所综合科技大学。始于1991年成立的高雄海专澎湖分部，1995年7月1日正式独立成为澎湖海事管理专科学校，2000年改制为澎湖技术 学院，并于2005年改名为澎湖科技大学。现设有人文暨管理、观光休闲及海洋资源暨工程等三个学院，共有12个学系，5个研究所以及通识教育中心。

两校2014年签署交流合作协议。